集裝箱碼頭的中轉箱主要包括國內和國際中轉箱。國內轉運集裝箱是指在國外裝貨港裝貨并在國內轉運港卸貨后運往中國其他港口的集裝箱，以及已經在國內裝貨港辦理結關手續并通過國內轉運港運輸到國外目的港的集裝箱，由船運公司出具完整的提單。
國際過境集裝箱是指從國外裝運的集裝箱，在通過過境港口被國際航線上的船只取代后，繼續被運往第三國或地區。碼頭有一名專職中轉業務員，負責碼頭中轉箱的管理，掌握中轉箱的動態，并做好中轉箱單據和材料的中轉管理。
1.在貨代中卸載船舶的船舶是指從始發港到中轉港攜帶中轉箱的船舶。在從船運公司收到信息后，終端裝載計劃員會將運輸信息移交給運輸運營商。轉賬員將轉賬數據輸入計算機。
船舶卸貨后，應根據實際卸貨情況檢查運輸數據，并應立即通知相關方協調解決發現的問題。如果代理人在卸載后要求更改和補充轉移信息，轉移操作員應在收到代理人的工作聯系表后及時在計算機中更正相關信息。對于第一航段船舶卸貨后超過14天未發貨的中轉箱，終端中轉運營商應主動聯系代理商，及時安排第二航段船舶的中轉。
2.貨代中的第二條船是指將集裝箱從中轉港運輸到集裝箱目的港的船。收到轉移通知后，終端的轉移操作員會將轉移通知(帶有海關放行印章)與被拖進終端的轉移箱的動態列表相匹配。
裝運后，貨代將通過一份指示實際包裝情況和轉運箱卸貨時間的轉運通知，連同裝運動態表和其他文件一起支付給收貨部門。如果由于某種原因，被外部區域拖進碼頭的轉運箱無法裝載到船上，轉運商應妥善保存動態表以備使用。
